GOPHERSPACE.DE - P H O X Y
gophering on origin.rxivist.org
               _____          _         _       _
              |  __ \        (_)       (_)     | |
              | |__) |__   __ _ __   __ _  ___ | |_
              |  _  / \ \ / /| |\ \ / /| |/ __|| __|
              | | \ \  \ v / | | \ V / | |\__ \| |_
              |_|  \_\  > <  |_|  \_/  |_||___/ \__|
                       / ^ \
                      /_/ \_\
                      TRENDING OPEN SCIENCE
-------------
Accurate and sensitive detection of microbial eukaryotes from whole
metagenome shotgun sequencing
--------
By
  Abigail L Lind
  Katherine S. Pollard

DOI: 10.1101/2020.07.22.216580

On bioRxiv: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.07.22.216580v2

Microbial eukaryotes are found alongside bacteria and archaea in
natural microbial systems, including host-associated microbiomes.
While microbial eukaryotes are critical to these communities, they are
challenging to study with shotgun sequencing techniques and are
therefore often excluded. Here we present EukDetect, a bioinformatics
method to identify eukaryotes in shotgun metagenomic sequencing data.
Our approach uses a database of 521,824 universal marker genes from
241 conserved gene families, which we curated from 3,713 fungal,
protist, non-vertebrate metazoan, and non-streptophyte archaeplastid
genomes and transcriptomes. EukDetect has a broad taxonomic coverage
of microbial eukaryotes, performs well on low-abundance and closely
related species, and is resilient against bacterial contamination in
eukaryotic genomes. Using EukDetect, we describe the spatial
distribution of eukaryotes along the human gastrointestinal tract,
showing that fungi and protists are present in the lumen and mucosa
throughout the large intestine. We discover that there is a succession
of eukaryotes that colonize the human gut during the first years of
life, mirroring patterns of developmental succession observed in gut
bacteria. By comparing DNA and RNA sequencing of paired samples from
human stool, we find that many eukaryotes continue active
transcription after passage through the gut, though some do not,
suggesting they are dormant or nonviable. We analyze metagenomic data
from the Baltic Sea and find that eukaryotes differ across locations
and salinity gradients. Finally, we observe eukaryotes in Arabidopsis
leaf samples, many of which are not identifiable from public protein
databases. EukDetect provides an automated and reliable way to
characterize eukaryotes in shotgun sequencing datasets from diverse
microbiomes. We demonstrate that it enables discoveries that would be
missed or clouded by false positives with standard shotgun sequence
analysis. EukDetect will greatly advance our understanding of how
microbial eukaryotes contribute to microbiomes.

---
RANKS:
815 downloads all time
  - Overall rank: 26256
  - Rank in bioinformatics: 3098


______________________________________________________________________
                                          Served by Flask-Gopher/2.0.0