GOPHERSPACE.DE - P H O X Y
gophering on origin.rxivist.org
               _____          _         _       _
              |  __ \        (_)       (_)     | |
              | |__) |__   __ _ __   __ _  ___ | |_
              |  _  / \ \ / /| |\ \ / /| |/ __|| __|
              | | \ \  \ v / | | \ V / | |\__ \| |_
              |_|  \_\  > <  |_|  \_/  |_||___/ \__|
                       / ^ \
                      /_/ \_\
                      TRENDING OPEN SCIENCE
-------------
Universal and taxon-specific trends in protein sequences as a function
of age
--------
By
  Jennifer E James
  Sara M Willis
  Paul G Nelson
  Catherine Weibel
  Luke Kosinski
  Joanna Masel

DOI: 10.1101/2020.03.26.010728

On bioRxiv: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.26.010728v1

Extant protein-coding sequences span a huge range of ages, from those
that emerged only recently in particular lineages, to those present in
the last universal common ancestor. Because evolution has had less
time to act on young sequences, there might be "phylostratigraphy"
trends in any properties that evolve slowly with age. Indeed, a long-
term reduction in hydrophobicity and in hydrophobic clustering has
been found in previous, taxonomically restricted studies. Here we
perform integrated phylostratigraphy across 435 fully sequenced and
dated eukaryotic species, using sensitive HMM methods to detect
homology of protein domains (which may vary in age within the same
gene), and applying a variety of quality filters. We find that the
reduction in hydrophobic clustering is universal across diverse
lineages, showing limited sign of saturation. But the tendency for
young domains to have higher protein structural disorder, driven
primarily by more hydrophilic amino acids, is found only among young
animal domains, and not young plant domains, nor ancient domains
predating the existence of the last eukaryotic common ancestor. Among
ancient domains, trends in amino acid composition reflect the order of
recruitment into the genetic code, suggesting that events during the
earliest stages of life on earth continue to have an impact on the
composition of ancient sequences.

---
RANKS:
418 downloads all time
  - Overall rank: 60141
  - Rank in evolutionary-biology: 3386


______________________________________________________________________
                                          Served by Flask-Gopher/2.0.0