GOPHERSPACE.DE - P H O X Y
gophering on origin.rxivist.org
               _____          _         _       _
              |  __ \        (_)       (_)     | |
              | |__) |__   __ _ __   __ _  ___ | |_
              |  _  / \ \ / /| |\ \ / /| |/ __|| __|
              | | \ \  \ v / | | \ V / | |\__ \| |_
              |_|  \_\  > <  |_|  \_/  |_||___/ \__|
                       / ^ \
                      /_/ \_\
                      TRENDING OPEN SCIENCE
-------------
DamID transcriptional profiling identifies the Snail/Scratch
transcription factor Kahuli as Alk target in the Drosophila visceral
mesoderm.
--------
By
  Patricia Mendoza-Garcia
  Swaraj Basu
  Sanjay Kumar Sukumar
  Badrul Arefin
  Georg Wolfstetter
  Vimala Anthonydhason
  Linnea Molander
  Henrik Lindehell
  Jan Larsson
  Erik Lekholm Larsson
  Mats Bemark
  Ruth H Palmer

DOI: 10.1101/2021.01.25.428051

On bioRxiv: https://biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.25.428051v1

Development of the midgut visceral muscle of Drosophila crucially
depends on Anaplastic Lymphoma Kinase (Alk) receptor tyrosine kinase
(RTK) signaling, which is needed to specify founder cells (FCs) in the
circular visceral mesoderm (VM). While activation of the Alk receptor
by its ligand Jelly Belly (Jeb) is well characterized, only a small
number of target molecules have been identified. Here, we assayed RNA
polymerase II (Pol II) occupancy in VM cells by using the targeted
DamID (TaDa) approach. To identify Alk targets we employed comparative
analysis of embryos overexpressing Jeb versus embryos with abrogated
Alk activity, revealing differential expression of a number of genes,
including the Snail/Scratch family transcription factor Kahuli (Kah).
Upon further in vivo validation, we confirmed that Alk signaling
regulates Kah mRNA expression in the VM. We show that Kah mutants
display defects in the formation of midgut constrictions, similar to
that of pointed (pnt) mutants. Analysis of publically available ChIP
data defined a Kah target-binding site similar to that of Snail. In
addition, we compared genes that were differentially expressed in Kah
mutants with publically available Kah- and Pnt-ChIP datasets
identifying a set of common target genes putatively regulated by Kah
and Pnt in midgut constriction. Taken together, we (i) report a rich
dataset of Alk responsive loci in the embryonic VM, (ii) provide the
first functional characterization of the Kah transcription factor,
identifying a role in embryonic midgut constriction, and (iii) suggest
a model in which Kah and Pnt cooperate in embryonic midgut
morphogenesis.

---
RANKS:
120 downloads all time
  - Overall rank: 117435
  - Rank in developmental-biology: 3152


______________________________________________________________________
                                          Served by Flask-Gopher/2.0.0