GOPHERSPACE.DE - P H O X Y
gophering on origin.rxivist.org
               _____          _         _       _
              |  __ \        (_)       (_)     | |
              | |__) |__   __ _ __   __ _  ___ | |_
              |  _  / \ \ / /| |\ \ / /| |/ __|| __|
              | | \ \  \ v / | | \ V / | |\__ \| |_
              |_|  \_\  > <  |_|  \_/  |_||___/ \__|
                       / ^ \
                      /_/ \_\
                      TRENDING OPEN SCIENCE
-------------
Hi-C Analyses with GENOVA: a case study with cohesin variants
--------
By
  Robin H. van der Weide
  Teun van den Brand
  Judith H.I. Haarhuis
  Hans Teunissen
  Benjamin Rowland
  Elzo de Wit

DOI: 10.1101/2021.01.22.427620

On bioRxiv: https://biorxiv.org/content/10.1101/2021.01.22.427620v1

Conformation capture-approaches like Hi-C can elucidate chromosome
structure at a genome-wide scale. Hi-C datasets are large and require
specialised software. Here, we present GENOVA: a user-friendly
software package to analyse and visualise conformation capture data.
GENOVA is an R-package that includes the most common Hi-C analyses,
such as compartment and insulation score analysis. It can create
annotated heatmaps to visualise the contact frequency at a specific
locus and aggregate Hi-C signal over user-specified genomic regions
such as ChIP-seq data. Finally, our package supports output from the
major mapping-pipelines. We demonstrate the capabilities of GENOVA by
analysing Hi-C data from HAP1 cell lines in which the cohesin-subunits
SA1 and SA2 were knocked out. We find that {Delta}SA1 cells gain
intra-TAD interactions and increase compartmentalisation. {Delta}SA2
cells have longer loops and a less compartmentalised genome. These
results suggest that cohesinSA1 forms longer loops, while cohesinSA2
plays a role in forming and maintaining intra-TAD interactions. Our
data supports the model that the genome is provided structure in 3D by
the counter-balancing of loop formation on one hand, and
compartmentalization on the other hand. By differentially controlling
loops, cohesinSA1 and cohesinSA2 therefore also affect nuclear
compartmentalization. We show that GENOVA is an easy to use R-package,
that allows researchers to explore Hi-C data in great detail.

---
RANKS:
323 downloads all time
  - Overall rank: 75841
  - Rank in genomics: 5097


______________________________________________________________________
                                          Served by Flask-Gopher/2.0.0