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=                              COVID-19                              =
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                             Introduction                             
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Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is a contagious disease caused by
the coronavirus SARS-CoV-2. The first known case was identified in
Wuhan, China, in December 2019. The disease quickly spread worldwide,
resulting in the ongoing COVID-19 pandemic.

The symptoms of COVID‑19 are variable but often include fever,
fatigue, cough, breathing difficulties, loss of smell, and loss of
taste. Symptoms may begin one to fourteen days after exposure to the
virus. At least a third of people who are infected do not develop
noticeable symptoms. Of those who develop symptoms noticeable enough
to be classified as patients, most (81%) develop mild to moderate
symptoms (up to mild pneumonia), while 14% develop severe symptoms
(dyspnea, hypoxia, or more than 50% lung involvement on imaging), and
5% develop critical symptoms (respiratory failure, shock, or
multiorgan dysfunction). Older people are at a higher risk of
developing severe symptoms. Some complications result in death. Some
people continue to experience a range of effects (long COVID) for
months or years after infection, and damage to organs has been
observed. Multi-year studies are underway to further investigate the
long-term effects of the disease.

COVID‑19 transmission occurs when infectious particles are breathed in
or come into contact with the eyes, nose, or mouth. The risk is
highest when people are in close proximity, but small airborne
particles containing the virus can remain suspended in the air and
travel over longer distances, particularly indoors. Transmission can
also occur when people touch their eyes, nose or mouth after touching
surfaces or objects that have been contaminated by the virus. People
remain contagious for up to 20 days and can spread the virus even if
they do not develop symptoms.

Testing methods for COVID-19 to detect the virus's nucleic acid
include real-time reverse transcription polymerase chain reaction
(RTPCR), transcription-mediated amplification, and reverse
transcription loop-mediated isothermal amplification (RTLAMP) from a
nasopharyngeal swab.

Several COVID-19 vaccines have been approved and distributed in
various countries, many of which have initiated mass vaccination
campaigns. Other preventive measures include physical or social
distancing, quarantining, ventilation of indoor spaces, use of face
masks or coverings in public, covering coughs and sneezes, hand
washing, and keeping unwashed hands away from the face. While drugs
have been developed to inhibit the virus, the primary treatment is
still symptomatic, managing the disease through supportive care,
isolation, and experimental measures.


                             Nomenclature                             
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During the initial outbreak in Wuhan, the virus and disease were
commonly referred to as "coronavirus" and "Wuhan coronavirus", with
the disease sometimes called "Wuhan pneumonia". In the past, many
diseases have been named after geographical locations, such as the
Spanish flu, Middle East respiratory syndrome, and Zika virus. In
January 2020, the World Health Organization (WHO) recommended
2019-nCoV and 2019-nCoV acute respiratory disease as interim names for
the virus and disease per 2015 guidance and international guidelines
against using geographical locations or groups of people in disease
and virus names to prevent social stigma. The official names COVID‑19
and SARS-CoV-2 were issued by the WHO on 11 February 2020 with
COVID-19 being shorthand for "coronavirus disease 2019". The WHO
additionally uses "the COVID‑19 virus" and "the virus responsible for
COVID‑19" in public communications.


 Complications 
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Complications may include pneumonia, acute respiratory distress
syndrome (ARDS), multi-organ failure, septic shock, and death.
Cardiovascular complications may include heart failure, arrhythmias
(including atrial fibrillation), heart inflammation, and thrombosis,
particularly venous thromboembolism. Approximately 20-30% of people
who present with COVID‑19 have elevated liver enzymes, reflecting
liver injury.

Neurologic manifestations include seizure, stroke, encephalitis, and
Guillain-Barré syndrome (which includes loss of motor functions).
Following the infection, children may develop paediatric multisystem
inflammatory syndrome, which has symptoms similar to Kawasaki disease,
which can be fatal. In very rare cases, acute encephalopathy can
occur, and it can be considered in those who have been diagnosed with
COVID‑19 and have an altered mental status.

According to the US Centers for Disease Control and Prevention,
pregnant women are at increased risk of becoming seriously ill from
COVID‑19. This is because pregnant women with COVID‑19 appear to be
more likely to develop respiratory and obstetric complications that
can lead to miscarriage, premature delivery and intrauterine growth
restriction.

Fungal infections such as aspergillosis, candidiasis, cryptococcosis
and mucormycosis have been recorded in patients recovering from
COVID‑19.


                                Cause                                 
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COVID‑19 is caused by infection with a strain of coronavirus known as
"severe acute respiratory syndrome coronavirus 2" (SARS-CoV-2).


 Virology 
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Severe acute respiratory syndrome coronavirus2 (SARS-CoV-2) is a novel
severe acute respiratory syndrome coronavirus. It was first isolated
from three people with pneumonia connected to the cluster of acute
respiratory illness cases in Wuhan. All structural features of the
novel SARS-CoV-2 virus particle occur in related coronaviruses in
nature, particularly in 'Rhinolophus sinicus' aka Chinese horseshoe
bats.

Outside the human body, the virus is destroyed by household soap which
bursts its protective bubble. Hospital disinfectants, alcohols, heat,
povidone-iodine, and ultraviolet-C (UV-C) irradiation are also
effective disinfection methods for surfaces.

SARS-CoV-2 is closely related to the original SARS-CoV. It is thought
to have an animal (zoonotic) origin. Genetic analysis has revealed
that the coronavirus genetically clusters with the genus
'Betacoronavirus', in subgenus 'Sarbecovirus' (lineage B) together
with two bat-derived strains. It is 96% identical at the whole genome
level to other bat coronavirus samples (BatCov RaTG13). The structural
proteins of SARS-CoV-2 include membrane glycoprotein (M), envelope
protein (E), nucleocapsid protein (N), and the spike protein (S). The
M protein of SARS-CoV-2 is about 98% similar to the M protein of bat
SARS-CoV, maintains around 98% homology with pangolin SARS-CoV, and
has 90% homology with the M protein of SARS-CoV; whereas, the
similarity is only around 38% with the M protein of MERS-CoV.


 SARS-CoV-2 variants 
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The many thousands of SARS-CoV-2 variants are grouped into either
clades or lineages. The WHO, in collaboration with partners, expert
networks, national authorities, institutions and researchers, have
established nomenclature systems for naming and tracking SARS-CoV-2
genetic lineages by GISAID, Nextstrain and Pango. The expert group
convened by the WHO recommended the labelling of variants using
letters of the Greek alphabet, for example, Alpha, Beta, Delta, and
Gamma, giving the justification that they "will be easier and more
practical to discussed by non-scientific audiences". Nextstrain
divides the variants into five clades (19A, 19B, 20A, 20B, and 20C),
while GISAID divides them into seven (L, O, V, S, G, GH, and GR). The
Pango tool groups variants into lineages, with many circulating
lineages being classed under the B.1 lineage.

Several notable variants of SARS-CoV-2 emerged throughout 2020.
Cluster 5 emerged among minks and mink farmers in Denmark. After
strict quarantines and a mink euthanasia campaign, the cluster was
assessed to no longer be circulating among humans in Denmark as of 1
February 2021.

, there are five dominant variants of SARS-CoV-2 spreading among
global populations: the Alpha variant (B.1.1.7, formerly called the UK
variant), first found in London and Kent, the Beta variant (B.1.351,
formerly called the South Africa variant), the Gamma variant (P.1,
formerly called the Brazil variant), the Delta variant (B.1.617.2,
formerly called the India variant), and the Omicron variant
(B.1.1.529), which had spread to 57 countries as of 7 December.

On December 19, 2023, the WHO declared that another distinctive
variant, JN.1, had emerged as a "variant of interest". Though the WHO
expects an increase in cases globally, particularly for countries
entering winter, the current overall global health risk (as of
December 21, 2023) remains low.


                           Pathophysiology                            
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The SARS-CoV-2 virus can infect a wide range of cells and systems of
the body. COVID‑19 is most known for affecting the upper respiratory
tract (sinuses, nose, and throat) and the lower respiratory tract
(windpipe and lungs). The lungs are the organs most affected by
COVID‑19 because the virus accesses host cells via the receptor for
the enzyme angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2), which is most
abundant on the surface of type II alveolar cells of the lungs. The
virus uses a special surface glycoprotein called a "spike" to connect
to the ACE2 receptor and enter the host cell.


 Respiratory tract 
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Following viral entry, COVID‑19 infects the ciliated epithelium of the
nasopharynx and upper airways.

Autopsies of people who died of COVID‑19 have found diffuse alveolar
damage, and lymphocyte-containing inflammatory infiltrates within the
lung.


 Nervous system 
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One common symptom, loss of smell, results from infection of the
support cells of the olfactory epithelium, with subsequent damage to
the olfactory neurons. The involvement of both the central and
peripheral nervous system in COVID‑19 has been reported in many
medical publications. It is clear that many people with COVID-19
exhibit neurological or mental health issues. The virus is not
detected in the central nervous system (CNS) of the majority of
COVID-19 patients with neurological issues. However, SARS-CoV-2 has
been detected at low levels in the brains of those who have died from
COVID‑19, but these results need to be confirmed. While virus has been
detected in cerebrospinal fluid of autopsies, the exact mechanism by
which it invades the CNS remains unclear and may first involve
invasion of peripheral nerves given the low levels of ACE2 in the
brain. The virus may also enter the bloodstream from the lungs and
cross the blood-brain barrier to gain access to the CNS, possibly
within an infected white blood cell.
|last2= Queval|first2= Christophe J. |last3= Harvey|first3= Ruth
|last4= Adams|first4= Lorin |last5= Bennett|first5= Michael |last6=
Wilkinson |first6= Robert J.|date= 2023 |title= Diferential efects of
SARS-CoV-2 variants on central nervous system cells and blood-brain
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|doi-access=free
}} It is unknown if such damage is temporary or permanent. Observed
individuals infected with COVID-19 (most with mild cases) experienced
an additional 0.2% to 2% of brain tissue lost in regions of the brain
connected to the sense of smell compared with uninfected individuals,
and the overall effect on the brain was equivalent on average to at
least one extra year of normal ageing; infected individuals also
scored lower on several cognitive tests. All effects were more
pronounced among older ages.


 Gastrointestinal tract 
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The virus also affects gastrointestinal organs as ACE2 is abundantly
expressed in the glandular cells of gastric, duodenal and rectal
epithelium as well as endothelial cells and enterocytes of the small
intestine.


 Cardiovascular system 
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The virus can cause acute myocardial injury and chronic damage to the
cardiovascular system. An acute cardiac injury was found in 12% of
infected people admitted to the hospital in Wuhan, China, and is more
frequent in severe disease. Rates of cardiovascular symptoms are high,
owing to the systemic inflammatory response and immune system
disorders during disease progression, but acute myocardial injuries
may also be related to ACE2 receptors in the heart. ACE2 receptors are
highly expressed in the heart and are involved in heart function.

A high incidence of thrombosis and venous thromboembolism occurs in
people transferred to intensive care units with COVID‑19 infections,
and may be related to poor prognosis. Blood vessel dysfunction and
clot formation (as suggested by high D-dimer levels caused by blood
clots) may have a significant role in mortality, incidents of clots
leading to pulmonary embolisms, and ischaemic events (strokes) within
the brain found as complications leading to death in people infected
with COVID‑19. Infection may initiate a chain of vasoconstrictive
responses within the body, including pulmonary vasoconstriction  a
possible mechanism in which oxygenation decreases during pneumonia.
Furthermore, damage of arterioles and capillaries was found in brain
tissue samples of people who died from COVID‑19.

COVID19 may also cause substantial structural changes to blood cells,
sometimes persisting for months after hospital discharge. A low level
of blood lymphocytes may result from the virus acting through
ACE2-related entry into lymphocytes.


 Kidneys 
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Another common cause of death is complications related to the kidneys.
Early reports show that up to 30% of hospitalised patients both in
China and in New York have experienced some injury to their kidneys,
including some persons with no previous kidney problems.


 Immunopathology 
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Although SARS-CoV-2 has a tropism for ACE2-expressing epithelial cells
of the respiratory tract, people with severe COVID‑19 have symptoms of
systemic hyperinflammation. Clinical laboratory findings of elevated
IL2, IL7, IL6, granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
(GMCSF), interferon gamma-induced protein10 (IP10), monocyte
chemoattractant protein1 (MCP1), macrophage inflammatory protein
1alpha (MIP1alpha), and tumour necrosis factor (TNFα) indicative of
cytokine release syndrome (CRS) suggest an underlying immunopathology.

Interferon alpha plays a complex, Janus-faced role in the pathogenesis
of COVID-19. Although it promotes the elimination of virus-infected
cells, it also upregulates the expression of ACE-2, thereby
facilitating the SARS-Cov2 virus to enter cells and to replicate. A
competition of negative feedback loops (via protective effects of
interferon alpha) and positive feedback loops (via upregulation of
ACE-2) is assumed to determine the fate of patients suffering from
COVID-19.

Additionally, people with COVID‑19 and acute respiratory distress
syndrome (ARDS) have classical serum biomarkers of CRS, including
elevated C-reactive protein (CRP), lactate dehydrogenase (LDH),
D-dimer, and ferritin.

Systemic inflammation results in vasodilation, allowing inflammatory
lymphocytic and monocytic infiltration of the lung and the heart. In
particular, pathogenic GM-CSF-secreting T cells were shown to
correlate with the recruitment of inflammatory IL-6-secreting
monocytes and severe lung pathology in people with COVID‑19.
Lymphocytic infiltrates have also been reported at autopsy.


 Virus proteins 
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Multiple viral and host factors affect the pathogenesis of the virus.
The S-protein, otherwise known as the spike protein, is the viral
component that attaches to the host receptor via the ACE2 receptors.
It includes two subunits: S1 and S2. S1 determines the virus-host
range and cellular tropism via the receptor-binding domain. S2
mediates the membrane fusion of the virus to its potential cell host
via the H1 and HR2, which are heptad repeat regions. Studies have
shown that S1 domain induced IgG and IgA antibody levels at a much
higher capacity. It is the focus spike proteins expression that are
involved in many effective COVID‑19 vaccines.

The M protein is the viral protein responsible for the transmembrane
transport of nutrients. It is the cause of the bud release and the
formation of the viral envelope. The N and E protein are accessory
proteins that interfere with the host's immune response.


 Host factors 
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Human angiotensin converting enzyme 2 (hACE2) is the host factor that
SARS-CoV-2 virus targets causing COVID‑19. Theoretically, the usage of
angiotensin receptor blockers (ARB) and ACE inhibitors upregulating
ACE2 expression might increase morbidity with COVID‑19, though animal
data suggest some potential protective effect of ARB; however no
clinical studies have proven susceptibility or outcomes. Until further
data is available, guidelines and recommendations for hypertensive
patients remain.

The effect of the virus on ACE2 cell surfaces leads to leukocytic
infiltration, increased blood vessel permeability, alveolar wall
permeability, as well as decreased secretion of lung surfactants.
These effects cause the majority of the respiratory symptoms. However,
the aggravation of local inflammation causes a cytokine storm
eventually leading to a systemic inflammatory response syndrome.

Among healthy adults not exposed to SARS-CoV-2, about 35% have CD4+ T
cells that recognise the SARS-CoV-2 S protein (particularly the S2
subunit) and about 50% react to other proteins of the virus,
suggesting cross-reactivity from previous common colds caused by other
coronaviruses.

It is unknown whether different persons use similar antibody genes in
response to COVID‑19.


 Host cytokine response 
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The severity of the inflammation can be attributed to the severity of
what is known as the cytokine storm. Levels of interleukin1B,
interferon-gamma, interferon-inducible protein 10, and monocyte
chemoattractant protein1 were all associated with COVID‑19 disease
severity. Treatment has been proposed to combat the cytokine storm as
it remains to be one of the leading causes of morbidity and mortality
in COVID‑19 disease.

A cytokine storm is due to an acute hyperinflammatory response that is
responsible for clinical illness in an array of diseases but in
COVID‑19, it is related to worse prognosis and increased fatality. The
storm causes acute respiratory distress syndrome, blood clotting
events such as strokes, myocardial infarction, encephalitis, acute
kidney injury, and vasculitis. The production of IL-1, IL-2, IL-6,
TNF-alpha, and interferon-gamma, all crucial components of normal
immune responses, inadvertently become the causes of a cytokine storm.
The cells of the central nervous system, the microglia, neurons, and
astrocytes, are also involved in the release of pro-inflammatory
cytokines affecting the nervous system, and effects of cytokine storms
toward the CNS are not uncommon.


 Pregnancy response 
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There are many unknowns for pregnant women during the COVID-19
pandemic. Given that they are prone to have complications and severe
disease infection with other types of coronaviruses, they have been
identified as a vulnerable group and advised to take supplementary
preventive measures.

Physiological responses to pregnancy can include:
* Immunological: The immunological response to COVID-19, like other
viruses, depends on a working immune system. It adapts during
pregnancy to allow the development of the foetus whose genetic load is
only partially shared with their mother, leading to a different
immunological reaction to infections during the course of pregnancy.
* Respiratory: Many factors can make pregnant women more vulnerable to
hard respiratory infections. One of them is the total reduction of the
lungs' capacity and inability to clear secretions.
* Coagulation: During pregnancy, there are higher levels of
circulating coagulation factors, and the pathogenesis of SARS-CoV-2
infection can be implicated. The thromboembolic events with associated
mortality are a risk for pregnant women.

However, from the evidence base, it is difficult to conclude whether
pregnant women are at increased risk of grave consequences of this
virus.

In addition to the above, other clinical studies have proved that
SARS-CoV-2 can affect the period of pregnancy in different ways. On
the one hand, there is little evidence of its impact up to 12 weeks
gestation. On the other hand, COVID-19 infection may cause increased
rates of unfavourable outcomes in the course of the pregnancy. Some
examples of these could be foetal growth restriction, preterm birth,
and perinatal mortality, which refers to the foetal death past 22 or
28 completed weeks of pregnancy as well as the death among live-born
children up to seven completed days of life. For preterm birth, a 2023
review indicates that there appears to be a correlation with COVID-19.

Unvaccinated women in later stages of pregnancy with COVID-19 are more
likely than other patients to need very intensive care. Babies born to
mothers with COVID-19 are more likely to have breathing problems.
Pregnant women are strongly encouraged to get vaccinated.


                              Diagnosis                               
======================================================================
COVID‑19 can provisionally be diagnosed on the basis of symptoms and
confirmed using reverse transcription polymerase chain reaction
(RT-PCR) or other nucleic acid testing of infected secretions. Along
with laboratory testing, chest CT scans may be helpful to diagnose
COVID‑19 in individuals with a high clinical suspicion of infection.
Detection of a past infection is possible with serological tests,
which detect antibodies produced by the body in response to the
infection.


 Viral testing 
===============
The standard methods of testing for presence of SARS-CoV-2 are nucleic
acid tests, which detects the presence of viral RNA fragments. As
these tests detect RNA but not infectious virus, its "ability to
determine duration of infectivity of patients is limited". The test is
typically done on respiratory samples obtained by a nasopharyngeal
swab; however, a nasal swab or sputum sample may also be used. Results
are generally available within hours. The WHO has published several
testing protocols for the disease.

Several laboratories and companies have developed serological tests,
which detect antibodies produced by the body in response to infection.
Several have been evaluated by Public Health England and approved for
use in the UK.

The University of Oxford's CEBM has pointed to mounting evidence that
"a good proportion of 'new' mild cases and people re-testing positives
after quarantine or discharge from hospital are not infectious, but
are simply clearing harmless virus particles which their immune system
has efficiently dealt with" and have called for "an international
effort to standardize and periodically calibrate testing" In September
2020, the UK government issued "guidance for procedures to be
implemented in laboratories to provide assurance of positive
SARS-CoV-2 RNA results during periods of low prevalence, when there is
a reduction in the predictive value of positive test results".


 Imaging 
=========
CT scan of a person with COVID-19 shows lesions (bright regions) in
the lungs]]

Chest CT scans may be helpful to diagnose COVID‑19 in individuals with
a high clinical suspicion of infection but are not recommended for
routine screening. Bilateral multilobar ground-glass opacities with a
peripheral, asymmetric, and posterior distribution are common in early
infection. Subpleural dominance, crazy paving (lobular septal
thickening with variable alveolar filling), and consolidation may
appear as the disease progresses. Characteristic imaging features on
chest radiographs and computed tomography (CT) of people who are
symptomatic include asymmetric peripheral ground-glass opacities
without pleural effusions.

Many groups have created COVID‑19 datasets that include imagery such
as the Italian Radiological Society which has compiled an
international online database of imaging findings for confirmed cases.
Due to overlap with other infections such as adenovirus, imaging
without confirmation by rRT-PCR is of limited specificity in
identifying COVID‑19. A large study in China compared chest CT results
to PCR and demonstrated that though imaging is less specific for the
infection, it is faster and more sensitive.


 Coding 
========
In late 2019, the WHO assigned emergency ICD-10 disease codes U07.1
for deaths from lab-confirmed SARS-CoV-2 infection and U07.2 for
deaths from clinically or epidemiologically diagnosed COVID‑19 without
lab-confirmed SARS-CoV-2 infection.


 Pathology 
===========
The main pathological findings at autopsy are:
* Macroscopy: pericarditis, lung consolidation and pulmonary oedema
* Lung findings:
** minor serous exudation, minor fibrin exudation
** pulmonary oedema, pneumocyte hyperplasia, large atypical
pneumocytes, interstitial inflammation with lymphocytic infiltration
and multinucleated giant cell formation
** diffuse alveolar damage (DAD) with diffuse alveolar exudates. DAD
is the cause of acute respiratory distress syndrome (ARDS) and severe
hypoxaemia.
** organisation of exudates in alveolar cavities and pulmonary
interstitial fibrosis
** plasmocytosis in bronchoalveolar lavage (BAL)
* Blood and vessels: disseminated intravascular coagulation (DIC);
leukoerythroblastic reaction, endotheliitis, hemophagocytosis
* Heart: cardiac muscle cell necrosis
* Liver: microvesicular steatosis
* Nose: shedding of olfactory epithelium
* Brain: infarction
* Kidneys: acute tubular damage.
* Spleen: white pulp depletion.


                              Prevention                              
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Preventive measures to reduce the chances of infection include getting
vaccinated, staying at home, wearing a mask in public, avoiding
crowded places, keeping distance from others, ventilating indoor
spaces, managing potential exposure durations, washing hands with soap
and water often and for at least twenty seconds, practising good
respiratory hygiene, and avoiding touching the eyes, nose, or mouth
with unwashed hands.

Those diagnosed with COVID‑19 or who believe they may be infected are
advised by the CDC to stay home except to get medical care, call ahead
before visiting a healthcare provider, wear a face mask before
entering the healthcare provider's office and when in any room or
vehicle with another person, cover coughs and sneezes with a tissue,
regularly wash hands with soap and water and avoid sharing personal
household items.

The first COVID‑19 vaccine was granted regulatory approval on
2December 2020 by the UK medicines regulator MHRA. It was evaluated
for emergency use authorisation (EUA) status by the US FDA, and in
several other countries. Initially, the US National Institutes of
Health guidelines do not recommend any medication for prevention of
COVID‑19, before or after exposure to the SARS-CoV-2 virus, outside
the setting of a clinical trial. Without a vaccine, other prophylactic
measures, or effective treatments, a key part of managing COVID‑19 is
trying to decrease and delay the epidemic peak, known as "flattening
the curve". This is done by slowing the infection rate to decrease the
risk of health services being overwhelmed, allowing for better
treatment of active cases, and delaying additional cases until
effective treatments or a vaccine become available.


 Indoor ventilation and avoiding crowded indoor spaces 
=======================================================
The CDC states that avoiding crowded indoor spaces reduces the risk of
COVID-19 infection. When indoors, increasing the rate of air change,
decreasing recirculation of air and increasing the use of outdoor air
can reduce transmission. The WHO recommends ventilation and air
filtration in public spaces to help clear out infectious aerosols.

Exhaled respiratory particles can build-up within enclosed spaces with
inadequate ventilation. The risk of COVID‑19 infection increases
especially in spaces where people engage in physical exertion or raise
their voice (e.g., exercising, shouting, singing) as this increases
exhalation of respiratory droplets. Prolonged exposure to these
conditions, typically more than 15 minutes, leads to higher risk of
infection.

Displacement ventilation with large natural inlets can move stale air
directly to the exhaust in laminar flow while significantly reducing
the concentration of droplets and particles. Passive ventilation
reduces energy consumption and maintenance costs but may lack
controllability and heat recovery. Displacement ventilation can also
be achieved mechanically with higher energy and maintenance costs. The
use of large ducts and openings helps to prevent mixing in closed
environments. Recirculation and mixing should be avoided because
recirculation prevents dilution of harmful particles and redistributes
possibly contaminated air, and mixing increases the concentration and
range of infectious particles and keeps larger particles in the air.


 Hand-washing and hygiene 
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Thorough hand hygiene after any cough or sneeze is required. The WHO
also recommends that individuals wash hands often with soap and water
for at least twenty seconds, especially after going to the toilet or
when hands are visibly dirty, before eating and after blowing one's
nose. When soap and water are not available, the CDC recommends using
an alcohol-based hand sanitiser with at least 60% alcohol. For areas
where commercial hand sanitisers are not readily available, the WHO
provides two formulations for local production. In these formulations,
the antimicrobial activity arises from ethanol or isopropanol.
Hydrogen peroxide is used to help eliminate bacterial spores in the
alcohol; it is "not an active substance for hand antisepsis". Glycerol
is added as a humectant.


 Social distancing 
===================
Social distancing (also known as physical distancing) includes
infection control actions intended to slow the spread of the disease
by minimising close contact between individuals. Methods include
quarantines; travel restrictions; and the closing of schools,
workplaces, stadiums, theatres, or shopping centres. Individuals may
apply social distancing methods by staying at home, limiting travel,
avoiding crowded areas, using no-contact greetings, and physically
distancing themselves from others.

In 2020, outbreaks occurred in prisons due to crowding and an
inability to enforce adequate social distancing. In the United States,
the prisoner population is ageing and many of them are at high risk
for poor outcomes from COVID‑19 due to high rates of coexisting heart
and lung disease, and poor access to high-quality healthcare.


 Surface cleaning 
==================
After being expelled from the body, coronaviruses can survive on
surfaces for hours to days. If a person touches the dirty surface,
they may deposit the virus at the eyes, nose, or mouth where it can
enter the body and cause infection. Evidence indicates that contact
with infected surfaces is not the main driver of COVID‑19, leading to
recommendations for optimised disinfection procedures to avoid issues
such as the increase of antimicrobial resistance through the use of
inappropriate cleaning products and processes. Deep cleaning and other
surface sanitation has been criticised as hygiene theatre, giving a
false sense of security against something primarily spread through the
air.

The amount of time that the virus can survive depends significantly on
the type of surface, the temperature, and the humidity. Coronaviruses
die very quickly when exposed to the UV light in sunlight. Like other
enveloped viruses, SARS-CoV-2 survives longest when the temperature is
at room temperature or lower, and when the relative humidity is low
(<50%).

On many surfaces, including glass, some types of plastic, stainless
steel, and skin, the virus can remain infective for several days
indoors at room temperature, or even about a week under ideal
conditions. On some surfaces, including cotton fabric and copper, the
virus usually dies after a few hours. The virus dies faster on porous
surfaces than on non-porous surfaces due to capillary action within
pores and faster aerosol droplet evaporation. However, of the many
surfaces tested, two with the longest survival times are N95
respirator masks and surgical masks, both of which are considered
porous surfaces.

The CDC says that in most situations, cleaning surfaces with soap or
detergent, not disinfecting, is enough to reduce risk of transmission.
The CDC recommends that if a COVID‑19 case is suspected or confirmed
at a facility such as an office or day care, all areas such as
offices, bathrooms, common areas, shared electronic equipment like
tablets, touch screens, keyboards, remote controls, and ATMs used by
the ill persons should be disinfected. Surfaces may be decontaminated
with 62-71 per cent ethanol, 50-100 per cent isopropanol, 0.1 per cent
sodium hypochlorite, 0.5 per cent hydrogen peroxide, 0.2-7.5 per cent
povidone-iodine, or 50-200 ppm hypochlorous acid. Other solutions,
such as benzalkonium chloride and chlorhexidine gluconate, are less
effective. Ultraviolet germicidal irradiation may also be used,
although popular devices require  exposure and may deteriorate some
materials over time. A datasheet comprising the authorised substances
to disinfection in the food industry (including suspension or surface
tested, kind of surface, use dilution, disinfectant and inoculum
volumes) can be seen in the supplementary material of.


 Self-isolation 
================
Self-isolation at home has been recommended for those diagnosed with
COVID‑19 and those who suspect they have been infected. Health
agencies have issued detailed instructions for proper self-isolation.
Many governments have mandated or recommended self-quarantine for
entire populations. The strongest self-quarantine instructions have
been issued to those in high-risk groups. Those who may have been
exposed to someone with COVID‑19 and those who have recently travelled
to a country or region with the widespread transmission have been
advised to self-quarantine for 14 days from the time of last possible
exposure.


 International travel-related control measures 
===============================================
A 2021 Cochrane rapid review found that based upon low-certainty
evidence, international travel-related control measures such as
restricting cross-border travel may help to contain the spread of
COVID‑19. Additionally, symptom/exposure-based screening measures at
borders may miss many positive cases. While test-based border
screening measures may be more effective, it could also miss many
positive cases if only conducted upon arrival without follow-up. The
review concluded that a minimum 10-day quarantine may be beneficial in
preventing the spread of COVID‑19 and may be more effective if
combined with an additional control measure like border screening.


                      Prognosis and risk factors                      
======================================================================
The severity of COVID‑19 varies. The disease may take a mild course
with few or no symptoms, resembling other common upper respiratory
diseases such as the common cold. In 3-4% of cases (7.4% for those
over age 65) symptoms are severe enough to cause hospitalisation. Mild
cases typically recover within two weeks, while those with severe or
critical diseases may take three to six weeks to recover. Among those
who have died, the time from symptom onset to death has ranged from
two to eight weeks. The Italian Istituto Superiore di Sanità reported
that the median time between the onset of symptoms and death was
twelve days, with seven being hospitalised. However, people
transferred to an ICU had a median time of ten days between
hospitalisation and death. Abnormal sodium levels during
hospitalisation with COVID-19 are associated with poor prognoses: high
sodium with a greater risk of death, and low sodium with an increased
chance of needing ventilator support. Prolonged prothrombin time and
elevated C-reactive protein levels on admission to the hospital are
associated with severe course of COVID‑19 and with a transfer to ICU.

Some early studies suggest 10% to 20% of people with COVID‑19 will
experience symptoms lasting longer than a month. A majority of those
who were admitted to hospital with severe disease report long-term
problems including fatigue and shortness of breath. On 30 October
2020, WHO chief Tedros Adhanom warned that "to a significant number of
people, the COVID virus poses a range of serious long-term effects".
He has described the vast spectrum of COVID‑19 symptoms that fluctuate
over time as "really concerning". They range from fatigue, a cough and
shortness of breath, to inflammation and injury of major
organsincluding the lungs and heart, and also neurological and
psychologic effects. Symptoms often overlap and can affect any system
in the body. Infected people have reported cyclical bouts of fatigue,
headaches, months of complete exhaustion, mood swings, and other
symptoms. Tedros therefore concluded that a strategy of achieving herd
immunity by infection, rather than vaccination, is "morally
unconscionable and unfeasible".

In terms of hospital readmissions about 9% of 106,000 individuals had
to return for hospital treatment within two months of discharge. The
average to readmit was eight days since first hospital visit. There
are several risk factors that have been identified as being a cause of
multiple admissions to a hospital facility. Among these are advanced
age (above 65 years of age) and presence of a chronic condition such
as diabetes, COPD, heart failure or chronic kidney disease.

According to scientific reviews smokers are more likely to require
intensive care or die compared to non-smokers. Acting on the same ACE2
pulmonary receptors affected by smoking, air pollution has been
correlated with the disease. Short-term and chronic exposure to air
pollution seems to enhance morbidity and mortality from COVID‑19.
Pre-existing heart and lung diseases and also obesity, especially in
conjunction with fatty liver disease, contributes to an increased
health risk of COVID‑19.

It is also assumed that those that are immunocompromised are at higher
risk of getting severely sick from SARS-CoV-2. One research study that
looked into the COVID‑19 infections in hospitalised kidney transplant
recipients found a mortality rate of 11%.

Men with untreated hypogonadism were 2.4 times more likely than men
with eugonadism to be hospitalised if they contracted COVID-19;
Hypogonad men treated with testosterone were less likely to be
hospitalised for COVID-19 than men who were not treated for
hypogonadism.


 Genetic risk factors 
======================
Genetics plays an important role in the ability to fight off Covid.
For instance, those that do not produce detectable type I interferons
or produce auto-antibodies against these may get much sicker from
COVID‑19. Genetic screening is able to detect interferon effector
genes. Some genetic variants are risk factors in specific populations.
For instance, an allele of the DOCK2 gene (dedicator of cytokinesis 2
gene) is a common risk factor in Asian populations but much less
common in Europe. The mutation leads to lower expression of DOCK2
especially in younger patients with severe Covid. In fact, many other
genes and genetic variants have been found that determine the outcome
of SARS-CoV-2 infections.


 Children 
==========
While very young children have experienced lower rates of infection,
older children have a rate of infection that is similar to the
population as a whole. Children are likely to have milder symptoms and
are at lower risk of severe disease than adults. The CDC reports that
in the US roughly a third of hospitalised children were admitted to
the ICU, while a European multinational study of hospitalised children
from June 2020, found that about 8% of children admitted to a hospital
needed intensive care. Four of the 582 children (0.7%) in the European
study died, but the actual mortality rate may be "substantially lower"
since milder cases that did not seek medical help were not included in
the study.


 Long-term effects 
===================
Around 10% to 30% of non-hospitalised people with COVID-19 go on to
develop long COVID. For those that do need hospitalisation, the
incidence of long-term effects is over 50%. Long COVID is an often
severe multisystem disease with a large set of symptoms. There are
likely various, possibly coinciding, causes. Organ damage from the
acute infection can explain a part of the symptoms, but long COVID is
also observed in people where organ damage seems to be absent.

By a variety of mechanisms, the lungs are the organs most affected in
COVID19. In people requiring hospital admission, up to 98% of CT scans
performed show lung abnormalities after 28 days of illness even if
they had clinically improved. People with advanced age, severe
disease, prolonged ICU stays, or who smoke are more likely to have
long-lasting effects, including pulmonary fibrosis. Overall,
approximately one-third of those investigated after four weeks will
have findings of pulmonary fibrosis or reduced lung function as
measured by DLCO, even in asymptomatic people, but with the suggestion
of continuing improvement with the passing of more time. After severe
disease, lung function can take anywhere from three months to a year
or more to return to previous levels.

The risks of cognitive deficit, dementia, psychotic disorders, and
epilepsy or seizures persists at an increased level two years after
infection.


 Immunity 
==========
The immune response by humans to SARS-CoV-2 virus occurs as a
combination of the cell-mediated immunity and antibody production,
just as with most other infections. B cells interact with T cells and
begin dividing before selection into the plasma cell, partly on the
basis of their affinity for antigen. Since SARS-CoV-2 has been in the
human population only since December 2019, it remains unknown if the
immunity is long-lasting in people who recover from the disease. The
presence of neutralising antibodies in blood strongly correlates with
protection from infection, but the level of neutralising antibody
declines with time. Those with asymptomatic or mild disease had
undetectable levels of neutralising antibody two months after
infection. In another study, the level of neutralising antibodies fell
four-fold one to four months after the onset of symptoms. However, the
lack of antibodies in the blood does not mean antibodies will not be
rapidly produced upon reexposure to SARS-CoV-2. Memory B cells
specific for the spike and nucleocapsid proteins of SARS-CoV-2 last
for at least six months after the appearance of symptoms.

As of August 2021, reinfection with COVID‑19 was possible but
uncommon. The first case of reinfection was documented in August 2020.
A systematic review found 17 cases of confirmed reinfection in medical
literature as of May 2021. With the Omicron variant, as of 2022,
reinfections have become common, albeit it is unclear how common.
COVID-19 reinfections are thought to likely be less severe than
primary infections, especially if one was previously infected by the
same variant.


                              Mortality                               
======================================================================
Several measures are commonly used to quantify mortality. These
numbers vary by region and over time and are influenced by the volume
of testing, healthcare system quality, treatment options, time since
the initial outbreak, and population characteristics such as age, sex,
and overall health.

The mortality rate reflects the number of deaths within a specific
demographic group divided by the population of that demographic group.
Consequently, the mortality rate reflects the prevalence as well as
the severity of the disease within a given population. Mortality rates
are highly correlated to age, with relatively low rates for young
people and relatively high rates among the elderly. In fact, one
relevant factor of mortality rates is the age structure of the
countries' populations. For example, the case fatality rate for
COVID‑19 is lower in India than in the US since India's younger
population represents a larger percentage than in the US.


 Case fatality rate 
====================
The case fatality rate (CFR) reflects the number of deaths divided by
the number of diagnosed cases within a given time interval. Based on
Johns Hopkins University statistics, the global death-to-case ratio is
(/) as of . The number varies by region.


Cumulative confirmed COVID-19 cases.svg|Total confirmed cases over
time

World map of total confirmed COVID-19 cases per million
people.svg|Total confirmed cases of COVID‑19 per million people

Daily and total confirmed COVID-19 deaths, World.svg|Total confirmed
deaths over time

World map of total confirmed COVID-19 deaths per million people by
country.svg|Total confirmed deaths due to COVID‑19 per million people


 Infection fatality rate 
=========================
A key metric in gauging the severity of COVID‑19 is the infection
fatality rate (IFR), also referred to as the 'infection fatality
ratio' or 'infection fatality risk'. This metric is calculated by
dividing the total number of deaths from the disease by the total
number of infected individuals; hence, in contrast to the CFR, the IFR
incorporates asymptomatic and undiagnosed infections as well as
reported cases.


 Estimates 
===========
A December 2020 systematic review and meta-analysis estimated that
population IFR during the first wave of the pandemic was about 0.5% to
1% in many locations (including France, Netherlands, New Zealand, and
Portugal), 1% to 2% in other locations (Australia, England, Lithuania,
and Spain), and exceeded 2% in Italy. That study also found that most
of these differences in IFR reflected corresponding differences in the
age composition of the population and age-specific infection rates; in
particular, the metaregression estimate of IFR is very low for
children and younger adults (e.g., 0.002% at age 10 and 0.01% at age
25) but increases progressively to 0.4% at age 55, 1.4% at age 65,
4.6% at age 75, and 15% at age 85. These results were also highlighted
in a December 2020 report issued by the WHO.
|IFR estimate per age group (to December 2020) !Age group !IFR
|0-34 |0.004%
|35-44 |0.068%
|45-54 |0.23%
|55-64 |0.75%
|65-74 |2.5%
|75-84 |8.5%
|85 + |28.3%
An analysis of those IFR rates indicates that COVID19 is hazardous not
only for the elderly but also for middle-aged adults, for whom the
infection fatality rate of COVID-19 is two orders of magnitude greater
than the annualised risk of a fatal automobile accident and far more
dangerous than seasonal influenza.


 Earlier estimates of IFR 
==========================
At an early stage of the pandemic, the World Health Organization
reported estimates of IFR between 0.3% and 1%. On 2July, The WHO's
chief scientist reported that the average IFR estimate presented at a
two-day WHO expert forum was about 0.6%. In August, the WHO found that
studies incorporating data from broad serology testing in Europe
showed IFR estimates converging at approximately 0.5-1%. Firm lower
limits of IFRs have been established in a number of locations such as
New York City and Bergamo in Italy since the IFR cannot be less than
the population fatality rate. (After sufficient time however, people
can get reinfected). As of 10 July, in New York City, with a
population of 8.4 million, 23,377 individuals (18,758 confirmed and
4,619 probable) have died with COVID‑19 (0.3% of the population).
Antibody testing in New York City suggested an IFR of ≈0.9%, and
≈1.4%. In Bergamo province, 0.6% of the population has died. In
September 2020, the U.S. Centers for Disease Control and Prevention
(CDC) reported preliminary estimates of age-specific IFRs for public
health planning purposes.


 Sex differences 
=================
Estimated prognosis by age and sex based on cases from France and
Diamond Princess ship
!colspan="10| Percentage of infected people who are hospitalised
! 0-19 20-29 30-39 40-49 50-59 60-69 70-79 80+ Total
Female | (0.07-0.2) | (0.3-0.8) | (0.5-1.5) | (0.7-2.1) | (1.5-4.2) |
(2.9-8.3) | (4.4-12.8) | (10.9-31.6) | (1.5-4.3)
Male | (0.08-0.2) | (0.3-0.9) | (0.7-1.9) | (0.9-2.6) | (1.8-5.2) |
(3.7-10.9) | (6.2-17.9) | (21.1-61.3) | (1.8-5.3)
Total | (0.08-0.2) | (0.3-0.8) | (0.6-1.7) | (0.8-2.3) | (1.6-4.7) |
(3.3-9.5) | (5.2-15.1) | (14.8-42.7) | (1.7-4.8)
!colspan="10| Percentage of hospitalised people who go to Intensive
Care Unit
! 0-19 20-29 30-39 40-49 50-59 60-69 70-79 80+ Total
Female | (14.3-19.3) | (7.5-9.9) | (10.9-13.0) | (15.6-17.7) |
(19.8-21.6) | (22.2-24.0) | (18.0-19.5) | (4.0-4.5) | (13.9-14.7)
Male | (23.1-31.1) | (12.2-16.0) | (17.6-20.9) | (25.4-28.4) |
(32.0-34.8) | (36.0-38.6) | (29.1-31.3) | (6.5-7.2) | (22.6-23.6)
Total | (19.1-25.7) | (10.1-13.2) | (14.5-17.3) | (21.0-23.5) |
(26.5-28.7) | (29.8-31.8) | (24.1-25.8) | (5.3-5.9) | (18.7-19.44)
!colspan="10| Percent of hospitalised people who die
! 0-19 20-29 30-39 40-49 50-59 60-69 70-79 80+ Total
Female | (0.2-1.0) | (0.5-1.3) | (1.2-1.9) | (2.3-3.0) | (4.8-5.6) |
(9.5-10.6) | (16.0-17.4) | (24.4-26.0) | (14.0-14.8)
Male | (0.3-1.5) | (0.8-1.9) | (1.7-2.7) | (3.3-4.4) | (7.0-8.2) |
(14.1-15.6) | (23.7-25.6) | (36.1-38.2) | (20.8-21.7)
Total | (0.2-1.3) | (0.7-1.6) | (1.5-2.3) | (2.9-3.8) | (6.0-7.0) |
(12.0-13.2) | (20.3-21.7) | (30.9-32.4) | (17.8-18.4)
!colspan="10| Percent of infected people who dieinfection fatality
rate (IFR)
! 0-19 20-29 30-39 40-49 50-59 60-69 70-79 80+ Total
Female | (<0.001-0.002) | (0.002-0.007) | (0.007-0.02) |
(0.02-0.06) | (0.08-0.2) | (0.3-0.8) | (0.7-2.1) | (2.7-8.0) |
(0.2-0.6)
Male | (<0.001-0.003) | (0.003-0.01) | (0.02-0.05) | (0.03-0.1) |
(0.1-0.4) | (0.6-1.6) | (1.5-1.4) | (7.9-22.7) | (0.4-1.1)
Total | (<0.001-0.002) | (0.003-0.01) | (0.01-0.03) | (0.03-0.08)
| (0.1-0.3) | (0.4-1.2) | (1.1-3.2) | (4.7-13.5) | (0.3-0.9)
|colspan=10| Numbers in parentheses are 95% credible intervals for
the estimates.

COVID‑19 case fatality rates are higher among men than women in most
countries. However, in a few countries like India, Nepal, Vietnam, and
Slovenia the fatality cases are higher in women than men. Globally,
men are more likely to be admitted to the ICU and more likely to die.
One meta-analysis found that globally, men were more likely to get
COVID‑19 than women; there were approximately 55 men and 45 women per
100 infections (CI: 51.43-56.58).

The Chinese Center for Disease Control and Prevention reported the
death rate was 2.8% for men and 1.7% for women. Later reviews in June
2020 indicated that there is no significant difference in
susceptibility or in CFR between genders. One review acknowledges the
different mortality rates in Chinese men, suggesting that it may be
attributable to lifestyle choices such as smoking and drinking alcohol
rather than genetic factors. Smoking, which in some countries like
China is mainly a male activity, is a habit that contributes to
increasing significantly the case fatality rates among men. Sex-based
immunological differences, lesser prevalence of smoking in women and
men developing co-morbid conditions such as hypertension at a younger
age than women could have contributed to the higher mortality in men.
In Europe as of February 2020, 57% of the infected people were men and
72% of those died with COVID‑19 were men. As of April 2020, the US
government is not tracking sex-related data of COVID‑19 infections.
Research has shown that viral illnesses like Ebola, HIV, influenza and
SARS affect men and women differently.


 Ethnic differences 
====================
In the US, a greater proportion of deaths due to COVID‑19 have
occurred among African Americans and other minority groups. Structural
factors that prevent them from practising social distancing include
their concentration in crowded substandard housing and in "essential"
occupations such as retail grocery workers, public transit employees,
health-care workers and custodial staff. Greater prevalence of lacking
health insurance and care of underlying conditions such as diabetes,
hypertension, and heart disease also increase their risk of death.
Similar issues affect Native American and Latino communities. On the
one hand, in the Dominican Republic there is a clear example of both
gender and ethnic inequality. In this Latin American territory, there
is great inequality and precariousness that especially affects
Dominican women, with greater emphasis on those of Haitian descent.
According to a US health policy non-profit, 34% of American Indian and
Alaska Native People (AIAN) non-elderly adults are at risk of serious
illness compared to 21% of white non-elderly adults. The source
attributes it to disproportionately high rates of many health
conditions that may put them at higher risk as well as living
conditions like lack of access to clean water.

Leaders have called for efforts to research and address the
disparities. In the UK, a greater proportion of deaths due to COVID‑19
have occurred in those of a Black, Asian, and other ethnic minority
background. More severe impacts upon patients including the relative
incidence of the necessity of hospitalisation requirements, and
vulnerability to the disease has been associated via DNA analysis to
be expressed in genetic variants at chromosomal region 3, features
that are associated with European Neanderthal heritage. That structure
imposes greater risks that those affected will develop a more severe
form of the disease. The findings are from Professor Svante Pääbo and
researchers he leads at the Max Planck Institute for Evolutionary
Anthropology and the Karolinska Institutet. This admixture of modern
human and Neanderthal genes is estimated to have occurred roughly
between 50,000 and 60,000 years ago in Southern Europe.


 Comorbidities 
===============
Biological factors (immune response) and the general behaviour
(habits) can strongly determine the consequences of COVID‑19. Most of
those who die of COVID‑19 have pre-existing (underlying) conditions,
including hypertension, diabetes mellitus, and cardiovascular disease.
According to March data from the United States, 89% of those
hospitalised had preexisting conditions. The Italian Istituto
Superiore di Sanità reported that out of 8.8% of deaths where medical
charts were available, 96.1% of people had at least one comorbidity
with the average person having 3.4 diseases. According to this report
the most common comorbidities are hypertension (66% of deaths), type 2
diabetes (29.8% of deaths), ischaemic heart disease (27.6% of deaths),
atrial fibrillation (23.1% of deaths) and chronic renal failure (20.2%
of deaths).

Most critical respiratory comorbidities according to the US Centers
for Disease Control and Prevention (CDC), are: moderate or severe
asthma, pre-existing COPD, pulmonary fibrosis, cystic fibrosis.
Evidence stemming from meta-analysis of several smaller research
papers also suggests that smoking can be associated with worse
outcomes. When someone with existing respiratory problems is infected
with COVID‑19, they might be at greater risk for severe symptoms.
COVID‑19 also poses a greater risk to people who misuse opioids and
amphetamines, insofar as their drug use may have caused lung damage.

In August 2020, the CDC issued a caution that tuberculosis (TB)
infections could increase the risk of severe illness or death. The WHO
recommended that people with respiratory symptoms be screened for both
diseases, as testing positive for COVID‑19 could not rule out
co-infections. Some projections have estimated that reduced TB
detection due to the pandemic could result in 6.3 million additional
TB cases and 1.4 million TB-related deaths by 2025.


                               History                                
======================================================================
The virus is thought to be of natural animal origin, most likely
through spillover infection. A joint-study conducted in early 2021 by
the People's Republic of China and the World Health Organization
indicated that the virus descended from a coronavirus that infects
wild bats, and likely spread to humans through an intermediary
wildlife host. There are several theories about where the index case
originated and investigations into the origin of the pandemic are
ongoing. According to articles published in July 2022 in 'Science',
virus transmission into humans occurred through two spillover events
in November 2019 and was likely due to live wildlife trade on the
Huanan wet market in the city of Wuhan (Hubei, China). Doubts about
the conclusions have mostly centered on the precise site of spillover.
Earlier phylogenetics estimated that SARS-CoV-2 arose in October or
November 2019. A phylogenetic algorithm analysis suggested that the
virus may have been circulating in Guangdong before Wuhan.

Most scientists believe the virus spilled into human populations
through natural zoonosis, similar to the SARS-CoV-1 and MERS-CoV
outbreaks, and consistent with other pandemics in human history.
According to the Intergovernmental Panel on Climate Change several
social and environmental factors including climate change, natural
ecosystem destruction and wildlife trade increased the likelihood of
such zoonotic spillover. One study made with the support of the
European Union found climate change increased the likelihood of the
pandemic by influencing distribution of bat species.

Available evidence suggests that the SARS-CoV-2 virus was originally
harboured by bats, and spread to humans multiple times from infected
wild animals at the Huanan Seafood Market in Wuhan in December 2019. A
minority of scientists and some members of the U.S intelligence
community believe the virus may have been unintentionally leaked from
a laboratory such as the Wuhan Institute of Virology. The US
intelligence community has mixed views on the issue, but overall
agrees with the scientific consensus that the virus was not developed
as a biological weapon and is unlikely to have been genetically
engineered. There is no evidence SARS-CoV-2 existed in any laboratory
prior to the pandemic.

The first confirmed human infections were in Wuhan. A study of the
first 41 cases of confirmed COVID‑19, published in January 2020 in
'The Lancet', reported the earliest date of onset of symptoms as
1December 2019. Official publications from the WHO reported the
earliest onset of symptoms as 8December 2019. Human-to-human
transmission was confirmed by the WHO and Chinese authorities by 20
January 2020. According to official Chinese sources, these were mostly
linked to the Huanan Seafood Wholesale Market, which also sold live
animals. In May 2020, George Gao, the director of the CDC, said animal
samples collected from the seafood market had tested negative for the
virus, indicating that the market was the site of an early
superspreading event, but that it was not the site of the initial
outbreak. Traces of the virus have been found in wastewater samples
that were collected in Milan and Turin, Italy, on 18 December 2019.

By December 2019, the spread of infection was almost entirely driven
by human-to-human transmission. The number of COVID-19 cases in Hubei
gradually increased, reaching sixty by 20 December, and at least 266
by 31 December. On 24 December, Wuhan Central Hospital sent a
bronchoalveolar lavage fluid (BAL) sample from an unresolved clinical
case to sequencing company Vision Medicals. On 27 and 28 December,
Vision Medicals informed the Wuhan Central Hospital and the Chinese
CDC of the results of the test, showing a new coronavirus. A pneumonia
cluster of unknown cause was observed on 26 December and treated by
the doctor Zhang Jixian in Hubei Provincial Hospital, who informed the
Wuhan Jianghan CDC on 27 December. On 30 December, a test report
addressed to Wuhan Central Hospital, from company CapitalBio Medlab,
stated an erroneous positive result for SARS, causing a group of
doctors at Wuhan Central Hospital to alert their colleagues and
relevant hospital authorities of the result. The Wuhan Municipal
Health Commission issued a notice to various medical institutions on
"the treatment of pneumonia of unknown cause" that same evening. Eight
of these doctors, including Li Wenliang (punished on 3January), were
later admonished by the police for spreading false rumours and
another, Ai Fen, was reprimanded by her superiors for raising the
alarm.

The Wuhan Municipal Health Commission made the first public
announcement of a pneumonia outbreak of unknown cause on 31 December,
confirming 27 casesenough to trigger an investigation.

During the early stages of the outbreak, the number of cases doubled
approximately every seven and a half days. In early and mid-January
2020, the virus spread to other Chinese provinces, helped by the
Chinese New Year migration and Wuhan being a transport hub and major
rail interchange. On 20 January, China reported nearly 140 new cases
in one day, including two people in Beijing and one in Shenzhen. Later
official data shows 6,174 people had already developed symptoms by
then, and more may have been infected. A report in 'The Lancet' on 24
January indicated human transmission, strongly recommended personal
protective equipment for health workers, and said testing for the
virus was essential due to its "pandemic potential". On 30 January,
the WHO declared COVID-19 a Public Health Emergency of International
Concern. By this time, the outbreak spread by a factor of 100 to 200
times.

Italy had its first confirmed cases on 31 January 2020, two tourists
from China. Italy overtook China as the country with the most deaths
on 19 March 2020. By 26 March the United States had overtaken China
and Italy with the highest number of confirmed cases in the world.
Research on coronavirus genomes indicates the majority of COVID-19
cases in New York came from European travellers, rather than directly
from China or any other Asian country. Retesting of prior samples
found a person in France who had the virus on 27 December 2019, and a
person in the United States who died from the disease on 6February
2020.

RT-PCR testing of untreated wastewater samples from Brazil and Italy
have suggested detection of SARS-CoV-2 as early as November and
December 2019, respectively, but the methods of such sewage studies
have not been optimised, many have not been peer-reviewed, details are
often missing, and there is a risk of false positives due to
contamination or if only one gene target is detected. A September 2020
review journal article said, "The possibility that the COVID‑19
infection had already spread to Europe at the end of last year is now
indicated by abundant, even if partially circumstantial, evidence",
including pneumonia case numbers and radiology in France and Italy in
November and December.

, 'Reuters' reported that it had estimated the worldwide total number
of deaths due to COVID‑19 to have exceeded five million.

The Public Health Emergency of International Concern for COVID-19
ended on May 5, 2023. By this time, everyday life in most countries
had returned to how it was before the pandemic.


                            Misinformation                            
======================================================================
After the initial outbreak of COVID19, misinformation and
disinformation regarding the origin, scale, prevention, treatment, and
other aspects of the disease rapidly spread online.

In September 2020, the US Centers for Disease Control and Prevention
(CDC) published preliminary estimates of the risk of death by age
groups in the United States, but those estimates were widely
misreported and misunderstood.


                            Other species                             
======================================================================
Humans appear to be capable of spreading the virus to some other
animals, a type of disease transmission referred to as
zooanthroponosis.

Some pets, especially cats and ferrets, can catch this virus from
infected humans. Symptoms in cats include respiratory (such as a
cough) and digestive symptoms. Cats can spread the virus to other
cats, and may be able to spread the virus to humans, but cat-to-human
transmission of SARS-CoV-2 has not been proven. Compared to cats, dogs
are less susceptible to this infection. Behaviours which increase the
risk of transmission include kissing, licking, and petting the animal.

The virus does not appear to be able to infect pigs, ducks, or
chickens at all. Mice, rats, and rabbits, if they can be infected at
all, are unlikely to be involved in spreading the virus.

Tigers and lions in zoos have become infected as a result of contact
with infected humans. As expected, monkeys and great ape species such
as orangutans can also be infected with the COVID‑19 virus.

Minks, which are in the same family as ferrets, have been infected.
Minks may be asymptomatic, and can also spread the virus to humans.
Multiple countries have identified infected animals in mink farms.
Denmark, a major producer of mink pelts, ordered the slaughter of all
minks over fears of viral mutations, following an outbreak referred to
as Cluster 5. A vaccine for mink and other animals is being
researched.


                               Research                               
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International research on vaccines and medicines in COVID19 is
underway by government organisations, academic groups, and industry
researchers. The CDC has classified it to require a BSL3 grade
laboratory. There has been a great deal of COVID‑19 research,
involving accelerated research processes and publishing shortcuts to
meet the global demand.

, hundreds of clinical trials have been undertaken, with research
happening on every continent except Antarctica. , more than 200
possible treatments have been studied in humans.


 Transmission and prevention research 
======================================
Modelling research has been conducted with several objectives,
including predictions of the dynamics of transmission, diagnosis and
prognosis of infection, estimation of the impact of interventions, or
allocation of resources. Modelling studies are mostly based on
compartmental models in epidemiology, estimating the number of
infected people over time under given conditions. Several other types
of models have been developed and used during the COVID19 pandemic
including computational fluid dynamics models to study the flow
physics of COVID19, retrofits of crowd movement models to study
occupant exposure, mobility-data based models to investigate
transmission, or the use of macroeconomic models to assess the
economic impact of the pandemic.


 Treatment-related research 
============================
Repurposed antiviral drugs make up most of the research into COVID‑19
treatments. Other candidates in trials include vasodilators,
corticosteroids, immune therapies, lipoic acid, bevacizumab, and
recombinant angiotensin-converting enzyme 2.

In March 2020, the World Health Organization (WHO) initiated the
Solidarity trial to assess the treatment effects of some promising
drugs: an experimental drug called remdesivir; anti-malarial drugs
chloroquine and hydroxychloroquine; two anti-HIV drugs,
lopinavir/ritonavir; and interferon-beta. More than 300 active
clinical trials are underway as of April 2020.

Research on the antimalarial drugs hydroxychloroquine and chloroquine
showed that they were ineffective at best, and that they may reduce
the antiviral activity of remdesivir. , France, Italy, and Belgium had
banned the use of hydroxychloroquine as a COVID‑19 treatment.

In June, initial results from the randomised RECOVERY Trial in the
United Kingdom showed that dexamethasone reduced mortality by one
third for people who are critically ill on ventilators and one fifth
for those receiving supplemental oxygen. Because this is a well-tested
and widely available treatment, it was welcomed by the WHO, which is
in the process of updating treatment guidelines to include
dexamethasone and other steroids. Based on those preliminary results,
dexamethasone treatment has been recommended by the NIH for patients
with COVID‑19 who are mechanically ventilated or who require
supplemental oxygen but not in patients with COVID‑19 who do not
require supplemental oxygen.

In September 2020, the WHO released updated guidance on using
corticosteroids for COVID‑19. The WHO recommends systemic
corticosteroids rather than no systemic corticosteroids for the
treatment of people with severe and critical COVID‑19 (strong
recommendation, based on moderate certainty evidence). The WHO
suggests not to use corticosteroids in the treatment of people with
non-severe COVID‑19 (conditional recommendation, based on low
certainty evidence). The updated guidance was based on a meta-analysis
of clinical trials of critically ill COVID‑19 patients.

In September 2020, the European Medicines Agency (EMA) endorsed the
use of dexamethasone in adults and adolescents from twelve years of
age and weighing at least 40 kg who require supplemental oxygen
therapy. Dexamethasone can be taken by mouth or given as an injection
or infusion (drip) into a vein.

In November 2020, the US Food and Drug Administration (FDA) issued an
emergency use authorisation for the investigational monoclonal
antibody therapy bamlanivimab for the treatment of mild-to-moderate
COVID‑19. Bamlanivimab is authorised for people with positive results
of direct SARS-CoV-2 viral testing who are twelve years of age and
older weighing at least 40 kg, and who are at high risk for
progressing to severe COVID‑19 or hospitalisation. This includes those
who are 65 years of age or older, or who have chronic medical
conditions.

In February 2021, the FDA issued an emergency use authorisation (EUA)
for bamlanivimab and etesevimab administered together for the
treatment of mild to moderate COVID‑19 in people twelve years of age
or older weighing at least 40 kg who test positive for SARS‑CoV‑2 and
who are at high risk for progressing to severe COVID‑19. The
authorised use includes treatment for those who are 65 years of age or
older or who have certain chronic medical conditions.

In April 2021, the FDA revoked the emergency use authorisation (EUA)
that allowed for the investigational monoclonal antibody therapy
bamlanivimab, when administered alone, to be used for the treatment of
mild-to-moderate COVID‑19 in adults and certain paediatric patients.


 Cytokine storm 
================
A cytokine storm can be a complication in the later stages of severe
COVID‑19. A cytokine storm is a potentially deadly immune reaction
where a large amount of pro-inflammatory cytokines and chemokines are
released too quickly. A cytokine storm can lead to ARDS and multiple
organ failure. Data collected from Jin Yin-tan Hospital in Wuhan,
China indicates that patients who had more severe responses to
COVID‑19 had greater amounts of pro-inflammatory cytokines and
chemokines in their system than patients who had milder responses.
These high levels of pro-inflammatory cytokines and chemokines
indicate presence of a cytokine storm.

Tocilizumab has been included in treatment guidelines by China's
National Health Commission after a small study was completed. It is
undergoing a PhaseII non-randomised trial at the national level in
Italy after showing positive results in people with severe disease.
Combined with a serum ferritin blood test to identify a cytokine storm
(also called cytokine storm syndrome, not to be confused with cytokine
release syndrome), it is meant to counter such developments, which are
thought to be the cause of death in some affected people.Various
sources:
*
*
*  The interleukin-6 receptor (IL-6R) antagonist was approved by the
FDA to undergo a PhaseIII clinical trial assessing its effectiveness
on COVID‑19 based on retrospective case studies for the treatment of
steroid-refractory cytokine release syndrome induced by a different
cause, CAR T cell therapy, in 2017. There is no randomised, controlled
evidence that tocilizumab is an efficacious treatment for CRS.
Prophylactic tocilizumab has been shown to increase serum IL-6 levels
by saturating the IL-6R, driving IL-6 across the blood-brain barrier,
and exacerbating neurotoxicity while having no effect on the incidence
of CRS.

Lenzilumab, an anti-GM-CSF monoclonal antibody, is protective in
murine models for CAR T cell-induced CRS and neurotoxicity and is a
viable therapeutic option due to the observed increase of pathogenic
GM-CSF secreting Tcells in hospitalised patients with COVID‑19.


 Passive antibodies 
====================
Transferring purified and concentrated antibodies produced by the
immune systems of those who have recovered from COVID‑19 to people who
need them is being investigated as a non-vaccine method of passive
immunisation. Viral neutralisation is the anticipated mechanism of
action by which passive antibody therapy can mediate defence against
SARS-CoV-2. The spike protein of SARS-CoV-2 is the primary target for
neutralising antibodies. As of 8August 2020, eight neutralising
antibodies targeting the spike protein of SARS-CoV-2 have entered
clinical studies. It has been proposed that selection of
broad-neutralising antibodies against SARS-CoV-2 and SARS-CoV might be
useful for treating not only COVID‑19 but also future SARS-related CoV
infections. Other mechanisms, however, such as antibody-dependant
cellular cytotoxicity or phagocytosis, may be possible. Other forms of
passive antibody therapy, for example, using manufactured monoclonal
antibodies, are in development.

The use of passive antibodies to treat people with active COVID19 is
also being studied. This involves the production of convalescent
serum, which consists of the liquid portion of the blood from people
who recovered from the infection and contains antibodies specific to
this virus, which is then administered to active patients. This
strategy was tried for SARS with inconclusive results. An updated
Cochrane review in May 2023 found high certainty evidence that, for
the treatment of people with moderate to severe COVID‑19, convalescent
plasma did not reduce mortality or bring about symptom improvement.
There continues to be uncertainty about the safety of convalescent
plasma administration to people with COVID‑19 and differing outcomes
measured in different studies limits their use in determining
efficacy.


 Bioethics 
===========
Since the outbreak of the COVID‑19 pandemic, scholars have explored
the bioethics, normative economics, and political theories of
healthcare policies related to the public health crisis. Academics
have pointed to the moral distress of healthcare workers, ethics of
distributing scarce healthcare resources such as ventilators, and the
global justice of vaccine diplomacies. The socio-economic inequalities
between genders, races, groups with disabilities, communities,
regions, countries, and continents have also drawn attention in
academia and the general public.


                               See also                               
======================================================================
* Coronavirus diseases, a group of closely related syndromes
* Disease X, a WHO term
*
*


                           Further reading                            
======================================================================
*
*
*  Scholia Q104287299.


 Health agencies 
=================
* [https://www.nhs.uk/conditions/coronavirus-covid-19/ Coronavirus
(COVID‑19)] by the UK National Health Service (NHS)
* [https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/index.html Coronavirus
2019 (COVID-19)] by the US Centers for Disease Control and Prevention
(CDC)
* [https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019
Coronavirus disease (COVID‑19)]
[https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/advice-for-public/myth-busters
Facts] by the World Health Organization (WHO)


 Directories 
=============
* [https://centerforinquiry.org/coronavirus/ Coronavirus Resource
Center] at the Center for Inquiry
*
* [https://www.firemountain.net/covid19.html COVID‑19 Information on
FireMountain.net]
* [https://openmd.com/directory/covid-19 COVID‑19 Resource Directory
on OpenMD]


 Medical journals 
==================
* [https://www.bmj.com/coronavirus BMJ's Coronavirus (covid‑19) Hub]
by the BMJ
* [https://www.nejm.org/coronavirus Coronavirus (Covid‑19)] by 'The
New England Journal of Medicine'
* [https://www.springernature.com/gp/researchers/campaigns/coronavirus
Coronavirus (COVID‑19) Research Highlights] by Springer Nature
* [https://jamanetwork.com/journals/jama/pages/coronavirus-alert
Coronavirus Disease 2019 (COVID‑19)] by 'JAMA'
* [https://www.thelancet.com/coronavirus COVID‑19 Resource Centre] by
'The Lancet'
* [https://novel-coronavirus.onlinelibrary.wiley.com/ Covid‑19: Novel
Coronavirus]  by Wiley Publishing
* [https://www.elsevier.com/connect/coronavirus-information-center
Novel Coronavirus Information Center] by Elsevier


 License 
=========
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Original Article: http://en.wikipedia.org/wiki/COVID-19


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